Фамилия Фрушенкова — женская форма от Фрушенков, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. С первого взгляда бросается в глаза нетипичное сочетание звуков: «Фруш-» встречается в русских фамилиях нечасто. Скорее всего, основа не исконно славянская, а пришла из западных или южных языков через прозвище или адаптированное имя.

Наиболее правдоподобная версия отсылает к польскому или украинскому слову «frus» (фрус) — так в некоторых говорах называли пруссака или выходца из Пруссии. В Речи Посполитой «фрусом» могли прозвать любого немца или прибалта, а на русском Северо-Западе это слово закрепилось как прозвище для человека с «немецкими» чертами: светлыми волосами, голубыми глазами или просто чужеземным говором. Суффикс -енк- (украинский уменьшительно-отчественный) указывает, что фамилия сформировалась на землях, где было сильно малороссийское влияние: в Слобожанщине, на юге России или в Белгородчине. Фрушенко — это «сын Фруса» или «маленький Фрус», а Фрушенков — уже русская патронимическая переделка этой украинской формы.

Есть и более прозаичная версия: от глагола «фрусить» (капризничать, дуться, манерничать) — в рязанских и тульских говорах так говорили о человеке, который «строит из себя важную персону». Прозвище Фруса или Фруша мог получить обидчивый, привередливый человек. Тогда Фрушенков — «внук Фруши», и фамилия чисто русская, без иностранных корней. В пользу этого говорит и то, что фамилия встречается в Тульской и Калужской областях — как раз в зоне бытования этого диалектного слова.

Географически Фрушенковы рассеяны, но заметный след оставили в Белгородской области и на Смоленщине. Встречается фамилия и у донских казаков — там могли переосмыслить прозвище от тюркского «фыруш» (торговец, разносчик), но это уже совсем гадательно.

Если выбирать между версиями, первая (от «фрус» — пруссак) выглядит убедительнее: она объясняет редкость корня и его звуковой облик, а также хорошо вписывается в историю миграций XVI–XVII веков, когда на южные рубежи России переселяли и пленных, и служилых людей из западных земель. Фрушенков — это, скорее всего, потомок человека, которого за глаза звали «пруссаком» или «немцем», неважно, был ли он им на самом деле.