Фамилия Фуникова — это женская форма фамилии Фуников, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужской основой. В её сердце лежит не прозвище и не ремесло, а крестильное имя Афанасий, которое в переводе с греческого (Атанасиа) означает «бессмертие». Имя это в старину было чрезвычайно распространено среди простых людей, что и породило множество уменьшительных и просторечных форм. Одной из таких форм, лёгшей в основу фамилии, стал Фуник.

Обратите внимание на словообразовательную модель: суффикс -ов в фамилии Фуников указывает на принадлежность, то есть «сын Фуника» или «из семьи Фуника». Сама форма Фуник возникла в результате типичного для народной речи сокращения: от полного Афанасий отсекли начало и конец, оставив ёмкое и удобное для повседневного обихода ядро. Подобные трансформации — не редкость: так из Афанасия появлялись Фаня, Фося, а в некоторых говорах и Фуня.

Исторические документы, собранные С. Веселовским, подтверждают, что имя Фуник бытовало в среде служилых людей и аристократии. Упоминаются князь Афанасий Давидович Фуник Кемский, а также Афанасий Иванович Фуник Курцев, дьяк 1531 года. Наиболее известен его сын Никита Фуников — казначей царя Ивана Грозного, казнённый в годы опричнины. Встречаются и другие носители: Фуник Васильевич Курчев-Пушкин (середина XVI века) и Андрей Петрович Фуник Солнцев. Эти примеры показывают, что имя не было узкосословным: его носили и князья, и дьяки. Однако сама форма Фуник, как и фамилия Фуников, скорее всего, закрепилась за выходцами из крестьянской или рабочей среды, где такие сокращённые варианты имён были особенно популярны в обиходе.

С церковной точки зрения покровителем имени считается преподобный Афанасий Печерский, подвижник, живший в Киево-Печерском монастыре. Его житие необычно: после долгой болезни он скончался, и братия приготовила его к погребению, но на третий день, перед самыми похоронами, он ожил. Обратившись к братии с духовным назиданием, Афанасий затем затворился в пещере на двенадцать лет. Он не видел солнца, день и ночь плакал, питаясь только водой и хлебом, и всё это время хранил молчание. Лишь перед самой кончиной он призвал братию и вновь напомнил о послушании, покаянии и молитве, добавив: «Блажен, кто здесь сподобится положенным быть». Его мощи покоятся в Антониевой пещере и сохранились нетленными, а у раки с мощами случалось множество исцелений. Для носителей фамилии Фуникова эта история — напоминание о глубоких христианских корнях имени, которое их предки носили как личное, а не как фамильное.

Итак, смысл фамилии прост и прозрачен: Фуникова — это «дочь (или жена) Фуника», а сам Фуник — это короткая, домашняя форма имени Афанасий. Фамилия не связана ни с каким ремеслом или прозвищем, она чисто патронимическая, то есть образованная от личного имени отца. Со временем, когда имя Фуник вышло из активного употребления, связь с Афанасием стёрлась из памяти, и фамилия стала самостоятельной, сохранив для нас архаичный и живой пласт русской разговорной речи XVI века.