Фамилия Фунников — наглядный пример того, как в русской фамилии может сохраниться забытое слово или прозвище. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Фунник, которое, в свою очередь, образовано от слова «фунт». Суффикс -ик в прозвище указывал на того, кто имеет отношение к фунту: либо торговца, который вешал товары на фунты, либо человека, который сам весил ровно фунт (около 409,5 грамма) — так в шутку могли назвать младенца-недоноска или очень маленького, щуплого человека. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «фунтик» в значении «кулёк», но прозвище Фунник могло появиться и от него — так могли прозвать торговца, отпускавшего товар в бумажных кульках.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Фунник + -ов, то есть «сын Фунника». Притяжательный суффикс -ов указывает на принадлежность к роду этого человека. Интересно, что фамилия Фунников встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Костромской губерниях, где была распространена мелкая торговля и местные меры веса. В этих краях прозвище Фунник могло закрепиться за коробейником или лавочником.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Фунников стоит в ряду «профессионально-бытовых» прозваний. Сословно она не была закреплена за дворянством: скорее всего, её носили государственные крестьяне или посадские люди. Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Фунник не стало массовым и не перешло в большое количество дворов. В документах XVII века встречаются отдельные упоминания крестьян с таким именем, но массового распространения оно не получило.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «фунеть» (надуваться, пыжиться). Тогда Фунником могли прозвать сердитого или важного человека. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол редок и не дал устойчивых прозвищ в других регионах. Более правдоподобно, что Фунников — фамилия торгового человека, чей предок отпускал товар на фунты и запомнился соседям именно этим.