Фамилия Гагунова — женская форма от Гагунова. В основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Гагун. Разбирать фамилию стоит с суффикса: -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Гугуна), а значит, предок носительницы фамилии — человек, которого в быту звали Гагун. Кем он мог быть?

Корень «гаг-» в русских говорах связан со звукоподражанием. Сравните: «гага» или «гагара» — водоплавающая птица, а также «гагать» — кричать по-гусиному, громко смеяться или болтать без умолку. Прозвище Гагун могли дать человеку с громким, резким голосом, похожим на птичий крик, или говорливому, шумному. Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике: от диалектного «гага» — нога, ходуля. Тогда Гагун — долговязый, высокий человек. Третья, самая простая: от имени собственного Гага, которое могло быть уменьшительной формой от редких крестильных имен вроде Агафон (благой) или Гавриил (божья крепость). Однако звукоподражательная версия убедительнее: прозвища по поведению и голосу в крестьянской среде давали чаще, чем переделывали церковные имена.

Фамилия Гагунова — нечастая. В основном она встречается в центральных и южных областях России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, что косвенно указывает на её возможное происхождение из южнорусских или украинских говоров, где «гага» и «гагара» — распространённые названия птиц. Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что прозвище Гагун оканчивалось на твёрдый согласный, что типично для мужских прозвищ.

Таким образом, предок Гагун был, скорее всего, крестьянином или ремесленником, получившим прозвище за голос — звонкий, громкий, возможно, напоминающий крик гуся или гагары. Фамилия сохранила эту бытовую характеристику, и сейчас её носительницы могут считать себя потомками человека, которого в деревне прозвали Гугуном за его манеру говорить или смеяться.