Фамилия Гагунина — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности или характеру, превратилось в наследственное имя. Основа здесь — слово «гага», которое в русских говорах имело два значения. Первое — это водоплавающая птица, известная своим ценным пухом. Второе, переносное, — прозвище человека: неуклюжего, медлительного (как утка) или, наоборот, того, кто любит принарядиться, «вырядиться как гага». В некоторых диалектах «гагой» называли также болтуна или пустомелю. Таким образом, дальний предок Гагуниных мог быть либо промысловиком, добывавшим гагачий пух, либо просто человеком с заметной походкой или манерой одеваться.

Суффикс -ин указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а/-я. Первоначально форма была «Гагунин сын», то есть потомок человека по прозвищу Гагуня. Удвоение «-ин-» здесь не ошибка, а следствие того, что основа («Гагун») уже содержала суффикс -ун, характерный для прозвищ деятелей (ср. «говорун», «бегун»). То есть «Гагун» — это человек, которого называли «гагой», а его дети стали Гагуниными.

Географически фамилия встречается в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вологодской и Архангельской губерниях, где промысел гаги был традиционным. Встречается она и в Поволжье, но реже. Сословной привязки у Гагуниных нет: фамилия могла принадлежать как крестьянину, так и посадскому человеку. В дореволюционных метрических книгах она фиксируется в основном у государственных крестьян и мещан.

В отличие от более распространённой формы «Гагарин» (от той же основы, но с другим суффиксом), фамилия Гагунина сохранила редкий словообразовательный вариант. Если «Гагарин» — это «сын Гагары», то «Гагунин» — «сын Гугуна», что подчёркивает активный, деятельный оттенок прозвища. Сравнение с однокоренными фамилиями (Гагин, Гаглов) показывает, что Гагунина стоит особняком как более «многословная» и редкая. Сегодня её носители живут в основном в России, но точной статистики по частоте нет — это нетипичная, нераспространённая фамилия, что делает её особенно интересной для генеалогического поиска.