Фамилия Гагонина — пример классической русской модели образования через суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Гагонин, то есть потомок человека по прозвищу или имени Гагоня. В женском роде фамилия принимает окончание -а, поэтому мы видим Гагонину. Основа здесь — Гагоня, и именно в ней скрыта главная загадка.

Слово «гагоня» в современных словарях русского литературного языка не встречается, но его можно реконструировать через диалекты и родственные формы. Скорее всего, это производное от глагола «гагать» или «гаготать» — в ряде говоров так описывали громкий, хохочущий смех, иногда с оттенком гоготания, как у гусей. Тогда Гагоня — прозвище громкого, веселого или, возможно, нелепо хохочущего человека. Такие прозвища по манере поведения были распространены в крестьянской среде и легко закреплялись за родом.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с личным именем. В старых русских именах встречалась форма Гага, сокращение от Гавриил или Агафон. Гагоня могла быть уменьшительно-ласкательной вариацией от Гага, с характерным для народной речи суффиксом -оня (ср. Антон — Антоня, Матвей — Матвоня). Если так, то фамилия восходит к церковному имени, но через бытовое, домашнее прозвище.

Географически фамилия Гагонина редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, с некоторым скоплением в Вологодской и Костромской областях. Это косвенно подтверждает диалектное происхождение основы: именно в севернорусских говорах слово «гага» и его производные фиксируются чаще. Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, так как фамилии на -ин в этой среде образовывались от прозвищ без участия дворянской геральдики.

Интересно, что рядом существуют фамилии Гагин, Гагонин и Гагонькин — все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами. Гагонина стоит в ряду тех фамилий, где прозвищная основа почти стерлась из языка, но сохранила звучание давней бытовой характеристики предка.