Фамилия Гагонов — редкая и неочевидная, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет ни отчества от крестильного имени, ни указания на профессию в привычном виде. Ключ к разгадке — в основе «Гагон», которая не встречается в церковных святцах, а значит, имеет либо диалектное, либо прозвищное происхождение. Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии: «чей?» — сын Гагона.

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем из южнорусских или украинских говоров. В некоторых диалектах слово «гага» или «гагоня» означало «болтун», «пустомеля» или, наоборот, «человек, который говорит громко, с присвистом». Это могло быть характеристикой говорливого или шумного человека, получившего такое прозвище в среде казачества или крестьянства. Подтверждение этому — фамилии Гага, Гаганов, которые встречаются в тех же регионах, что и Гагонов, что указывает на общий корень.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским словом «гаг» (ворон) или «гаган» (господин, владыка). Однако в этом случае фамилия скорее имела бы форму Гаган-ов, а не Гагон-ов. Разница в гласной «о» вместо «а» в основе (Гагон против Гаган) склоняет чашу весов в пользу славянского, диалектного происхождения: в русских говорах звук мог редуцироваться или меняться под влиянием местного произношения.

Фамилия явно недворянская и нестарая — её нет в боярских списках и родословных книгах. Скорее всего, она оформилась в XIX веке у крестьян или мещан Черноземья, Поволжья или Кубани, где были сильны украинские говоры. География бытования сегодня — единичные носители по всей России, без ярко выраженного «гнезда», что подтверждает её редкость.

Таким образом, Гагонов — это «сын Гагона», а Гагон, вероятнее всего, был человеком с живым, громким голосом или любителем поговорить, получившим меткое прозвище в своей среде. Фамилия сохранила это диалектное слово, которое уже почти вышло из живого языка.