Фамилия Гафонов — один из тех случаев, когда простое на первый взгляд слово скрывает неожиданный поворот. Если вы ищете её происхождение, первое, что приходит в голову: связь с именем или прозвищем Гафон. И это верно, но с оговоркой. Форма Гафон — это не самостоятельное древнерусское имя, а народная, обиходная переделка канонического крестильного имени Агафон. В русской традиции начальный гласный «А» нередко отпадал в быстрой речи: Агафон превращался в Гафона, так же как Акулина становилась Кулиной, а Алимпий — Лимпеем. Поэтому фамилия Гафонов буквально означает «сын Гафона», то есть потомок человека, которого в быту звали Гафон вместо полного церковного Агафон.

Само имя Агафон греческого происхождения, от слова «агатос» — «добрый», «хороший». В святцах оно встречается нечасто, но почиталось: известно несколько святых с этим именем, в том числе мученик Агафон и папа римский Агафон. Однако в народе имя прижилось именно в усечённой форме, что и закрепилось в фамилии. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: так образовывали фамилии от основ на твёрдый согласный. Если бы исходная форма была Гафона, мы бы получили Гафонин, но в данном случае основа Гафон- дала стандартное -ов.

Интересно, что в некоторых говорах и старых документах встречается вариант написания Гафонов через «а» во втором слоге, но это орфографическая случайность: ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог — Гафо́нов. В отличие от фамилии Агафонов, которая образована от полной формы имени, Гафонов — более редкий вариант, указывающий на простонародное, бытовое происхождение. Предки носителей этой фамилии скорее всего были крестьянами или посадскими людьми, в среде которых усечение имён было нормой.

С точки зрения географии, фамилия встречается в центральных и южных областях России, но не относится к числу массовых. Встречается также в среде старообрядцев, где иногда сохранялись архаичные формы имён. Есть и версия, что в некоторых случаях фамилия могла возникнуть от прозвища Гафон, данного человеку с добрым, «агатовым» характером, но это скорее вторичное осмысление, чем первичная причина.

Таким образом, Гафонов — это фамилия-патроним, образованная от разговорной формы крестильного имени Агафон. Она говорит о том, что предок носителя носил это имя в его народном, сокращённом варианте, что характерно для русской провинции XVII–XIX веков.