Фамилия Гафанов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием -ов стоит нерусская, тюркская основа. Вопреки возможному впечатлению, корень здесь не связан с «гаванью» или «гафелем» (морским термином). Перед нами типичная фамилия, образованная от личного имени Гафан — адаптированной на русской почве формы арабского имени Гаффар (غفار). В переводе с арабского «аль-Гаффар» означает «Всепрощающий» — один из эпитетов Аллаха. Однако непосредственно в фамилию чаще переходило не само божественное имя, а его производная, уменьшительная или бытовая форма, которую в тюркской среде (татары, башкиры, народы Кавказа) произносили как Гафан.

Модель образования проста: к основе Гафан добавили русский патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Гафана». По такой же схемы возникли фамилии Гафаров (с тюркским суффиксом -ов) и Гафуров (от другой формы того же корня). Разница между Гафановым и Гафаровым — в огласовке и в том, какой именно суффикс закрепился при русификации. Гафанов — более «обрусевший» вариант, где тюркский компонент растворился в русской модели.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционно мусульманским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также встречается у азербайджанцев и народов Дагестана. В метрических книгах XIX века носители фамилии чаще всего записаны как государственные крестьяне или мещане, реже — купцы. Дворянских корней у Гафановых, как правило, нет: это фамилия выходцев из податных сословий, получивших её по отцу при переходе к фамильным прозваниям в XIX веке.

Стоит отметить редкий вариант написания — Гаффанов, с удвоенной «ф». Он ближе к арабскому оригиналу, но встречается значительно реже. В современной России фамилия не входит в число распространённых, но устойчиво держится в Поволжье и на Урале. Если ваш предок носил её, скорее всего, он был крещёным татарином или башкиром, либо происходил из среды казанских или оренбургских мусульман, принявших православие.