Фамилия Гафаров отталкивается от личного имени Гафар — татарской формы арабского Гафур, что значит «прощающий», «всепрощающий». Это один из эпитетов Аллаха в исламе, поэтому имя было распространённым и уважаемым, а фамилия на его основе встречается у татар, башкир и других тюркских народов.

Модель образования простая и прозрачная: к основе Гафар прибавили русский патронимический суффикс -ов, который в тюркской среде стал стандартным способом оформлять фамилии по отцу. Буквальное значение: «сын Гафара», «потомок Гафара». Встречается и вариант Гафаров — с ударением на последнем слоге, что характерно для многих татарских фамилий, адаптированных к русской графике.

Иногда фамилию путают с Гафуров — более частым вариантом от той же основы, но с другим суффиксальным оформлением. Гафаров же сохранил более короткую форму имени, без наращения -у. В документах XIX — начала XX века, особенно в метрических записях Оренбургской и Уфимской губерний, встречаются оба написания, иногда у одной семьи, что говорит о колебаниях при записи.

Географически фамилия плотнее всего представлена в Татарстане, Башкортостане и среди казанских татар, переселившихся в Среднюю Азию. Сословно предки носителя фамилии могли быть и крестьянами, и торговцами, и муллами — имя Гафар не было привилегией какого-то одного слоя, его давали широко.