Фамилия Гафарова происходит от мужского личного имени Гафар — татарского аналога арабского имени Гафур. В переводе с арабского оно означает «прощающий», «милующий», «бесконечно милостивый». Для носителей исламской традиции это не просто имя, а один из эпитетов Аллаха (аль-Гафур), что придавало ему особый вес. Называя сына Гафаром, родители вкладывали в имя пожелание божественного всепрощения и милосердия.

Словообразовательная модель здесь типична для тюркских и кавказских регионов: к основе имени Гафар добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем — окончание -а, указывающее на женскую линию или принадлежность роду. Так фамилия закрепилась в документах, когда в XIX веке у татар, башкир и других народов начали массово фиксировать наследственные фамилии по русскому образцу.

Имя Гафар (и его варианты Гафур, Гафуров) широко распространено у татар, башкир, азербайджанцев, а также у народов Дагестана. Соответственно, фамилия Гафарова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, в Азербайджане и среди кавказских тюрков. В русских записях XIX века у крещёных татар могли фиксировать фамилию Гафаров уже без прямой связи с исламом, но корень у неё один.

Процесс перехода от имени к фамилии был долгим и не всегда единообразным. Однозначно сказать, в каком именно селе или уезде впервые появились Гафаровы, можно только по итогам генеалогической работы с метрическими книгами и ревизскими сказками. Однако ясно, что основатель рода носил имя Гафар, и фамилия несёт в себе память о нём как о человеке, которого нарекли в честь «милостивого» атрибута Творца.