Фамилия Гафуанов — одна из тех, где тюрко-исламское имя-основа соединилось с русским патронимическим суффиксом. Разбирать её стоит не с корня, а с редкой модели образования: суффикс -ов здесь стоит не после типичного русского окончания -а (как в фамилии Гаврилов), а присоединился к полной форме арабского имени Гафуан. Это указывает на то, что фамилию фиксировали в русскоязычной среде уже в готовом виде, без переоформления через тюркский суффикс -ин или -лы.

Основа — Гафуан. Это арабское имя, восходящее к корню «гафара» (прощать). В исламской традиции аль-Гафур — одно из имён Аллаха, «Всепрощающий». Имя Гафуан — производная форма с тем же смыслом: «прощающий», «милостивый». Встречается у тюркских народов, исповедующих ислам, особенно у татар и башкир. Фамилия Гафуанов, соответственно, означает «потомок Гафуана».

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Западной Сибири. Встречается среди казанских татар, башкир, реже — у казахов. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний можно найти записи о Гафуановых — по большей части это были крестьяне и мещане из татарских и башкирских деревень.

Любопытная деталь: фамилия могла возникнуть не только от имени Гафуан, но и от его диалектного варианта Гафуан — с ударением на второй слог, что встречается в некоторых говорах сибирских татар. В таком случае написание через «а» (Гафуанов) закрепилось при паспортизации, хотя в устной речи фамилия могла произноситься иначе.

По сословной принадлежности предки Гафуановых, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами — то есть не крепостными, а платившими подать государству. Дворянских корней у фамилии нет, что типично для поздних патронимов, сложившихся в среде нерусского населения Поволжья в XIX веке.