Фамилия Галиганова — женская форма, а её мужской вариант — Галиганов. С точки зрения словообразования здесь всё прозрачно: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть исходно это было отчество или прозвище главы семьи. Основа — Галиган.

Корень фамилии неочевиден, и это как раз тот случай, когда стоит рассмотреть несколько версий. Первая и самая правдоподобная — связь с тюркскими языками. В них есть слово «гали» или «али» (высокий, великий, могущественный), широко распространённое в именах (например, Али, Гали). Суффикс -ган в тюркских языках — активный причастный или отглагольный формант, часто указывающий на деятеля или качество. Таким образом, «Галиган» могло означать «тот, кто обладает величием» или «происходящий от Гали». Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья, где русская администрация оформляла местные прозвища в фамилии с помощью суффикса -ов.

Вторая версия, менее вероятная, отсылает к русским диалектам. В некоторых говорах «галиться» значит насмехаться, зубоскалить. Тогда «галиган» — это прозвище насмешника или балагура. Однако в этом случае ожидалась бы форма без наращения -ан, скорее «Галиков» или «Галин». Кроме того, суффикс -ган для русских прозвищ нехарактерен, он явно указывает на иноязычное влияние.

Третья, совсем редкая гипотеза, связывает фамилию с греческим именем Галина (от «галене» — спокойствие, тишина) через уменьшительную форму «Галиган». Но это натяжка: в русской традиции от женских имён фамилии почти не образовывались, а если и образовывались, то с помощью суффикса -ин, а не -ов.

Социальный контекст: носители фамилии Галигановы, скорее всего, происходят из крестьян или мещан, вышедших из татарской или башкирской среды, которые после крещения или в ходе переписей получили фамилию по прозвищу предка. Встречаемость фамилии невысокая, в основном фиксируется в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Самарская область) и на Урале. В дореволюционных списках она почти не попадается, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в XVIII–XIX веках.