Фамилия Галисханов образована от мужского имени Галисхан — сложного арабо-тюркского составного имени. Первая часть, Гали, восходит к арабскому «али» — «великий, возвышенный, могущественный». Вторая часть, Хан, тюркского происхождения и означает «правитель, повелитель». Таким образом, имя Галисхан можно перевести как «великий правитель» или «могущественный повелитель». Давая сыну такое имя, родители выражали пожелание, чтобы он занял высокое положение в обществе и пользовался уважением.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Галисханов укладывается в распространённый для тюркских и кавказских народов тип: к полной форме имени добавляется русский патронимический суффикс -ов. На практике это означает «сын Галисхана» или «из рода Галисхановых». Такие фамилии массово закреплялись в XIX — начале XX века, когда представители нерусских народов Российской империи получали фамилии по отцу с русским окончанием.

Имя Галисхан — это, скорее всего, диалектальный вариант более известного имени Галихан. В тюркских языках существует фонетическое чередование «и» и «ы», поэтому обе формы могли бытовать в соседних селениях или даже в одной семье. Встречаются также однокоренные фамилии Галиханов, Галиев, Галимов — все они восходят к той же основе «Гали», но с разными суффиксами и вторыми компонентами.

Фамилия Галисханов распространена преимущественно у татар и башкир, а также у народов Северного Кавказа, где арабские и тюркские имена смешивались веками. Поскольку имя Галисхан не входит в число самых частых, фамилия остаётся сравнительно редкой, что указывает на её происхождение из конкретного рода или локальной группы.