Фамилия Гилисханов — одна из тех, где корень прочитывается почти сразу, но суффикс заставляет задуматься. Основа «Гилисхан» явно восходит к арабскому имени Хасан (حسن — «красивый, хороший»), а «Ги-» — это, скорее всего, мусульманское «Гирей» (Гирей + Хасан). То есть перед нами составное имя-оберег, типичное для тюрко-татарской и кавказской традиции: Гирей (могучий, достойный) + Хасан. Получается «Гилисхан» — «достойный красавец» или «красивый, как Гирей».

Но самое интересное — не корень, а суффикс. Фамилия оканчивается на «-анов», а не на «-ов». Это типичный признак фамилий, возникших в среде кавказских народов (кумыков, чеченцев, ингушей, аварцев) и отчасти у татар. Если бы фамилия была просто «Гилисхов», её можно было бы записать в русский или украинский ряд. Но «Гилисханов» — это калька с местной модели: в языках Северного Кавказа и Закавказья фамилии часто образуются добавлением «-ов» или «-ев» к полному имени, без усечения. То есть носитель фамилии — почти наверняка потомок человека, которого звали Гилисхан (Гирей-Хасан), а его дети стали Гилисхановыми — «из рода Гилисхана».

Географически фамилия почти не встречается за пределами Северного Кавказа и некоторых регионов Поволжья, куда в XIX веке переселялись горцы. Это редкая фамилия, не попавшая в массовые дворянские или купеческие списки, — её носители, скорее всего, были сельскими жителями, крестьянами или ремесленниками. В документах XIX века она могла писаться через «е» (Гилесханов) или с одним «с» (Гилиханов), но современное написание закрепилось в советских паспортах.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Гилисханов стоит рядом с Гилимхановым (от Гилим + Хан), Гилиевым (от Гирей) и Хасановым. Но двойное имя в основе — признак того, что предок, вероятно, был мусульманином-суннитом и жил в среде, где ценились составные имена-благопожелания.