Фамилия Гамнюкова — женская форма от Гамнюков, и её происхождение упирается в прозвище или нецерковное имя Гамня. Это слово в русских говорах имело два значения, и оба могли дать фамилию. Первое — «гам» как шум, крик, галдёж. Гамней в народе называли крикливого, беспокойного человека, горлопана. Второе значение — диалектное «гам» в смысле «вкус, смак»; тогда Гамня — лакомка, сластёна, тот, кто любит поесть вкусно. Обе версии правдоподобны, но первая встречается чаще: прозвища по характеру были распространённее, чем по гастрономическим пристрастиям.

Суффикс -ов (в основе Гамнюк-ов) указывает на типичную русскую модель образования фамилий от мужских прозвищ на -ня: Гамня → Гамнин, но с переходом в Гамнюков. Форма Гамнюк — это либо вариант того же корня с другим суффиксальным оформлением (Гамн-юк), либо диалектное произношение. В любом случае, фамилия принадлежит к пласту прозвищных фамилий, которые складывались в XV–XVII веках у крестьян и посадских людей.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где диалектное слово «гам» было в ходу. Встречается в Архангельской, Вологодской, Костромской губерниях, реже — на юге. Сословно предки Гамнюковых — скорее всего, крестьяне или ремесленники, так как прозвища такого типа редко закреплялись в дворянских родах.

Сравните с однокоренными фамилиями: Гамов, Гамовский, Гамняев. Гамнюков стоит особняком из-за редкого суффикса -юк, который чаще встречается в украинских и белорусских фамилиях (Ковалюк, Гнатюк), но в русском контексте он может указывать на влияние местных говоров или на то, что предок был выходцем с запада. Однако для окончательного вывода нужны генеалогические данные по конкретной семье.