Фамилия Ганачек звучит на русский слух как уменьшительно-ласкательная, и это почти верно. Её основа — чешское или словацкое личное имя Gan(a), которое является краткой формой от Arnošt (чешский вариант имени Эрнст) или от имен с корнем gan- (например, из древневерхненемецкого «gan» — «идти», но в славянских именах этот корень редок). Чаще всего имя Гана (Hana) в Чехии и Словакии — это уменьшительная форма от Иоганн (Jan) или от Гануш (Hanuš, то есть Иоанн). Таким образом, Ганачек — это двойная уменьшительная форма: сначала полное имя сократили до Ган, а потом добавили уменьшительный суффикс -ек, характерный для западнославянских языков. Буквально фамилию можно перевести как «маленький Ган» или «Ганыч».

Суффикс -ек в чешской и словацкой модели фамилий указывает на принадлежность или родство: Ганачек — это «сын Гана» или «человек из рода Гана». В русском языке такого суффикса нет, поэтому фамилия сохранила исходное западнославянское звучание. Если бы её русифицировали, она могла бы превратиться в Ганкин или Ганов, но этого не произошло — носители фамилии, скорее всего, выходцы из Чехии, Моравии или Словакии.

Географически фамилия Ганачек наиболее часто встречается в Восточной Чехии (область Моравия) и в Словакии, особенно в окрестностях Братиславы и Кошице. В России и Украине она редка и появлялась, как правило, у потомков чешских и словацких переселенцев XIX–XX веков, которые оседали в Закарпатье, Крыму или на Кубани. Социальный статус предков-носителей фамилии был разным: от крестьян до ремесленников и мелких торговцев, но чаще всего это были люди, не принадлежавшие к дворянству.

В отличие от многих русских фамилий, Ганачек не имеет «барской» или «духовной» версии — это однозначно народная, демократичная фамилия, образованная от личного имени без дополнительных сословных маркеров. Её редкость и западнославянское происхождение делают её своеобразным маркером: если вы встретили Ганачека в России, почти наверняка его предки пришли с запада, а не возникли на русской почве.