Фамилия Ганаго — редкий случай, когда географический корень почти очевиден, а вот путь в русскую культуру не прямолинеен. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, она заканчивается на -о и не имеет патронимического суффикса. Это сразу указывает на её нерусское происхождение.

Скорее всего, фамилия Ганаго восходит к названию итальянского города Генуя. В русском языке до XVIII века Геную часто называли Ганага или Ганаго — такое написание встречается в документах и летописях. Прозвище «Ганаго» могли дать купцу, моряку или дипломату, который торговал с генуэзцами или бывал в тех краях. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с белорусским или украинским диалектным словом «ганак» — крыльцо, навес. Тогда Ганаго мог быть прозвищем строителя или владельца дома с заметным крыльцом, но это объяснение слабее, потому что фамилия встречается в основном в среде русских дворян и духовенства, а не крестьян.

Самая известная ветвь — дворянский род Ганаго, внесённый в родословную книгу Минской губернии. По семейному преданию, предок выехал из Генуи в Польшу в XVI веке, а затем его потомки перешли на русскую службу. Именно из этой семьи происходил генерал-майор и участник Кавказской войны Иван Ганаго. Но фамилия встречается и в среде православного духовенства: в XIX веке несколько священников с фамилией Ганаго служили в храмах Смоленской и Могилёвской губерний. Здесь могла сработать искусственная «латинизация» фамилии при поступлении в семинарию — выпускникам часто давали фамилии по греческим или латинским корням, и Ганаго могло быть переделкой фамилии на «благородный» итальянский манер.

В любом случае, Ганаго — не случайная фамилия, а маркер либо торговых связей предков с Западом, либо сознательного выбора фамилии по месту службы или учёбы. Её носители — не крестьянский род, а скорее служилая или духовная среда, что подтверждается архивными записями XIX века.