Фамилия Ганага происходит от имени Ганага, которое является народной разговорной формой таких православных имен, как Гаврила (церковная форма — Гавриил), Гантиол, Ганулий. Она получилась в результате прибавления редкого суффикса "ага" к сокращенной форме этих имен — Гана/Ганя. Имя Гавриил в переводе с древнееврейского языка означает «божественный воин». Имена Гантиол и Ганулий не значатся в святцах. Возможно, они были образованы от славянской основы, либо были адаптированным русским вариантом классических греческих или латинских имен.