Фамилия Гандалипов — редкий случай, где прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с человеком, а с животным. Корень «гандал» — это искажённое тюркское «кандал» или «гандал», что в ряде тюркских языков (например, в казахском, татарском, башкирском) означает «бобёр» или «выдра». Речь идёт не о домашнем, а о промысловом звере, ценном мехом. Прозвище Гандал (или Гандалип) мог получить охотник, удачливый добытчик бобра, либо человек, которого сравнивали с этим животным за какие-то черты — например, за прилежание, хозяйственность или умение «строить» (бобры славятся строительством плотин).

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный. Полная форма Гандалипов буквально означает «сын Гандалипа». Сама основа «Гандалип» — это, скорее всего, усиленная или диалектная форма от «Гандал» с добавлением тюркского аффикса -лип/-лып, который может указывать на обладание качеством («имеющий бобра» или «подобный бобру»). В русской среде такое сложное прозвище могли переосмыслить и упростить до более привычного звучания.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было сильно тюркское влияние и где водился речной бобр — Поволжье, Приуралье, Западная Сибирь. Встречается она в основном у русских, но корни ведут к смешанной среде, где тюркские прозвища легко входили в русский быт. Сословно носители фамилии почти наверняка были из крестьян или мещан: промысел бобра был делом не дворянским, а практическим.

Другие, менее убедительные версии связывают корень с арабским «гандал» (вид растения) или с иранскими языками, но связка с бобром — самая прямая и логичная: она объясняет и прозвище, и его бытовую мотивировку. Фамилия редкая, её носители — потомки тех, кто жил охотой и ремёслами на границе леса и степи.