Фамилия Ганигабшев — редкая и, на первый взгляд, необычная для русского уха. Её основа, скорее всего, имеет восточное происхождение, а суффикс -ев указывает на то, что она формировалась в русской среде по модели «чей?» — то есть как указание на потомка человека с определённым именем или прозвищем.

Разберём корень. Первая часть — «Гани» — может восходить к арабскому имени Гани (Ганий), что значит «богатый», «состоятельный», или к тюркскому варианту того же корня. Вторая часть — «габш» — более загадочна. Здесь возможны две версии. Первая: это искажённое или диалектное произношение арабского слова «габш» (или «габаш»), которое в некоторых тюркских языках означает «слуга», «раб» или «негр» (от араб. «хабаш» — эфиоп, житель Абиссинии). В таком случае «Ганигабш» могло быть прозвищем, например, «богатый слуга» или «богатый эфиоп» — по цвету кожи или по роду занятий.

Вторая версия: «габш» — это вариант тюркского имени Габиш (Габаш), уменьшительная форма от Габид (араб. «абид» — поклоняющийся, раб Божий). Тогда Ганигабш — это сложносоставное имя-композит, где «Гани» и «Габиш» стоят рядом: «Гани, сын Габиша» или «Гани, прозванный Габишем». Такие двусоставные имена встречаются у народов Северного Кавказа (дагестанцев, чеченцев) и в Закавказье, где два имени могли сливаться в одно прозвище.

Фамилия Ганигабшев, вероятнее всего, несёт в себе следы межэтнических контактов. Её носители могли быть выходцами из среды мусульманских народов (татары, кумыки, народы Дагестана), которые в XVIII–XIX веках переходили в русское подданство и получали фамилии по отцу. Суффикс -ев вместо более типичного для тюркских языков -ов указывает на то, что основа заканчивалась на мягкий согласный или «й» (Ганигабш → Ганигабшев).

Географию фамилии сегодня можно связать с Дагестаном, Чечнёй или Азербайджаном, а также с казачьими областями, куда переселялись горцы. Точных данных о сословной принадлежности нет, но по модели образования — это фамилия недворянская, крестьянская или казачья, возникшая в среде, где личное имя отца становилось родовым прозвищем.