Фамилия Ганигин — одна из тех, где единого мнения о происхождении нет, и каждая из версий ведёт в совершенно разные стороны. Чтобы разобраться, стоит начать с самого очевидного — суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганигин буквально значит «сын Ганиги» или «человек из рода Ганиги». Вопрос упирается в то, что такое «Ганига».

Самая прочная версия связывает основу с именем Гавриил. В народной речи имя Гавриил, означающее в переводе с древнееврейского «божественный воин», давало множество уменьшительных форм: Гавря, Ганя, Ганига. Если в основе лежит Ганя, то фамилия по правилам русского языка выглядела бы как Ганин. Но форма Ганига — это уже ласкательный или шутливый вариант, который и закрепился в прозвище. Такая модель образования встречается реже, но она вполне объяснима: суффикс -иг- (как в «Ванюга», «Серёга») придаёт имени фамильярный оттенок. Таким образом, Ганигин — это потомок человека, которого в быту звали Ганигой, то есть Гавриилом.

Вторая версия отталкивается не от имени, а от нарицательного слова. В украинском языке есть слово «гана» — осуждение, порицание. От него могли образовать прозвище Ганига для человека, которого осуждали окружающие. Возможно, он вёл необычный для своей среды образ жизни или часто нарушал неписаные правила. Эта версия менее популярна, но имеет право на существование: прозвища по поведению — один из древнейших пластов русских фамилий.

Третий вариант — самый неожиданный и редкий. Он уводит нас в мифологию коренных народов Дальнего Востока. В верованиях орочей и удэгейцев ганиги — это водяные духи, помощники хозяина воды тэму. Чаще всего их представляли в виде русалок с красной кожей. Согласно поверьям, если человек плыл мимо и слышал песню ганигов, он обязан был ответить своей песней — иначе духи утащат его под воду. Маловероятно, что русская фамилия напрямую связана с этим образом, но нельзя исключать, что прозвище Ганига дали человеку, который жил у воды или обладал каким-то «водяным» нравом.

Из трёх гипотез наиболее правдоподобной выглядит первая — от имени Гавриил через форму Ганига. Она объясняет и словообразовательную модель, и типичность такого перехода «прозвище → фамилия». Остальные версии — скорее экзотические дополнения, которые, впрочем, делают историю фамилии Ганигин нешаблонной и по-своему интересной.