Фамилия Галигин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «Галига» — не встречается в современных словарях русских имён и прозвищ, поэтому здесь приходится выбирать между несколькими версиями, ни одна из которых не стопроцентная.

Самое простое объяснение — прозвище от диалектного глагола «галиться» (насмехаться, зубоскалить, а в некоторых говорах — баловаться или озорничать). Тогда Галигой называли насмешника, шутника или несерьёзного человека. Модель образования типична: основа на -а плюс суффикс -ин, обозначающий принадлежность («чей?» — сын Галиги). Поддерживает эту версию и то, что у глагола «галить» есть параллели в северных и сибирских говорах, то есть фамилия могла возникнуть на Русском Севере или в Сибири.

Вторая гипотеза — искажённое или усечённое крестильное имя. Например, от Галактион (в народной форме Галах) или от Галина (редкое мужское имя, встречавшееся в святцах). В этом случае Галига — это просторечная форма, а Галигин — «сын Галиги». Однако такое имя не было распространено, поэтому версия с прозвищем выглядит предпочтительнее.

Третья возможность — тюркские корни. В татарском и башкирском языках есть слово «гәли» (дорогой, ценный) или имя Гали (высокий, великий). Если носитель фамилии — из регионов с татарским влиянием, то Галигин могло образоваться от имени Гали с добавлением русского суффикса -гин (фонетически адаптированный вариант -ин). Но это лишь предположение: без конкретной географии бытования фамилии утверждать что-то трудно.

В любом случае, фамилия Галигин недворянская и нестарая — она, скорее всего, оформилась в XVIII–XIX веках у крестьян или мещан. Встречается она в основном в центральных и северных областях России, но крайне редко.