Фамилия Ганыкин, судя по всему, образовалась не как отчество от церковного имени, а от прозвища. В её основе лежит слово «Ганыка», которое выводят из украинского «гана» — «осуждение», «порицание». Человек с таким прозвищем, вероятно, был тем, кого часто осуждали, или, наоборот, сам имел привычку строго судить других. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганыкин буквально означает «сын Ганыки» или «человек из рода Ганыки».

Существует и вторая, менее вероятная версия, которая связывает фамилию с именем Гавриил. Согласно этой гипотезе, Ганыка — это одна из уменьшительных форм этого имени (наряду с более привычными Ганя, Гарик). Само имя Гавриил переводится с древнееврейского как «божественный воин» или «моя сила — Бог». Если принять эту версию, то фамилия Ганыкин — это отчество от разговорной формы имени, что типично для русских фамилий. Однако прямое прозвищное происхождение от слова со значением «осуждение» выглядит семантически более прозрачным и правдоподобным, особенно учитывая, что в говорах слово «гана» могло означать не только порицание, но и «сплетню», «пересуды».