Фамилия Ганыкин образована от прозвища Ганыка, которое восходит к украинскому нарицательному «гана», что в переводе на русский язык означает «осуждение». Согласно другой версии, фамилия Ганыкин была образована от имени Гавриил. В основе фамилии лежит его уменьшительная форма – Ганыка. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский язык переводится как «божественный воин». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ганыка, со временем получил фамилию Ганыкин.