Фамилия Ганигина — женская форма фамилии Ганигин. Её основа восходит к прозвищу или нецерковному имени Ганига. Слово «ганить» в русских говорах означает «бранить, порицать, осуждать, хаять». Соответственно, Ганигой в народе могли прозвать сварливого, ворчливого человека, любителя покритиковать. В некоторых диалектах «ганиться» также имело значение «насмехаться». Прозвище давалось не обязательно как негативная характеристика — в крестьянской среде его могли дать и в шутку, и как оберег, чтобы злые силы обошли «плохого» человека стороной.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на -а/-я (Ганига → Ганигин). Но сама основа Ганига — редкая. В русской ономастике гораздо чаще встречаются фамилии от глагола «ганить» с другими суффиксами: Ганин, Ганихин, Ганичев. Форма Ганигин могла возникнуть в результате переоформления более старой фамилии или как вариант от прозвища с уменьшительным суффиксом -иг(а), который встречается в северных и северо-западных говорах (сравните: Ванюга, Петряга, Костига).

Географически фамилия редкая и локальная. Наибольшее число носителей исторически фиксируется в Вологодской и Архангельской губерниях, что подтверждает её северное происхождение. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Тотемском и Устюжском уездах. Сословно — почти исключительно крестьянская среда, без дворянских корней.

Есть и вторая, менее вероятная версия: в некоторых тюркских языках «гани» означает «богатый», а суффикс -га может быть аффиксом принадлежности. Но против этой гипотезы говорит типично русский суффикс -ин и отсутствие тюркских параллелей в документах по этой фамилии. Вероятнее всего, перед нами чисто славянское прозвищное имя, закрепившееся в фамилии на Русском Севере.