Фамилия Ганигин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. По одной из версий, фамилия Ганигин образована от прозвища Ганига из нарицательного «гана» (в переводе с украинского – «осуждение»). Возможно, предок обладателя фамилии вел образ жизни, в чем-то отличный от общепринятого, за что его и осуждали односельчане. Согласно другой гипотезе, фамилия Ганигин была образована от имени Гавриил. В основе фамилии лежит его уменьшительная форма – Ганя, Ганига. Само имя Гавриил имеет древнееврейские корни, а на русский переводится как «божественный воин». Наконец, нельзя исключить, что в основе этой фамилии лежит слово «ганиги» - водяные духи в мифах орочей и удэгейцев. Ганиги считались помощниками хозяина воды тэму. Они представлялись духами обоих полов, но видели чаще всего ганигов женского пола — в виде русалок с красной кожей. По народному убеждению, проплывая мимо людей, ганиги часто запевают песню, на которую человек обязательно должен ответить своей песней, иначе духи утащат его под воду. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ганига, со временем получил фамилию Ганигин. О точном месте и времени возникновения фамилии Ганигин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ганигин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.