Фамилия Ганусеева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Основной вопрос, который она ставит перед исследователем: что скрывается в корне — имя, прозвище или этноним? Словообразовательная модель подсказывает, что перед нами женская форма фамилии на -ев, а мужской вариант — Ганусеев. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение («чей?» — из рода Ганусея), а значит, в основе лежит личное прозвище или неканоническое имя Ганусей.

Самая вероятная версия связывает корень «Ганус» с просторечной формой имени Иоанн (Иван). В западнорусских и украинских говорах имя Иван давало множество производных: Иванюсь, Ганус, Ганусь. Форма Ганусей могла возникнуть как уменьшительно-ласкательное от Ганус по той же модели, что и Иван — Ивасей. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном или потомком человека по имени Ганусей, то есть «Иванушки». В пользу этой версии говорит и география бытования: фамилия встречается на юге России, в частности в Ставропольском крае, где исторически сильна связь с украинским и белорусским населением.

Менее убедительна версия о связи с тюркским словом «ганус» (в значении «источник» или «родник»). Для русской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ев, такое объяснение выглядит натянутым — тюркские основы чаще дают фамилии на -ов. К тому же финаль «-ей» характерна для славянских уменьшительных форм, а не для тюркских заимствований.

Фамилия Ганусеева не относится к дворянским — её носителями были крестьяне и мещане. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века она фиксируется в южнорусских губерниях, что подтверждает её «простонародное» происхождение. Ударение, судя по аналогичным фамилиям (Бобрусеев, Марусеев), падает на второй слог: Гану́сеева.

Если вы Ганусеева, ваши предки с большой вероятностью носили имя Ганусей — западнорусский вариант имени Иван. Искать корни стоит в районах, где пересекались русский и украинский языковые миры: на Кубани, Ставрополье, в бывших Слободско-Украинской и Воронежской губерниях.