Фамилия Ганусей — редкий пример, где географический и языковой следы ведут в разные стороны, а единой версии происхождения нет. Словообразовательная модель подсказывает: перед нами, скорее всего, фамилия польского или белорусского происхождения. Суффикс -ей (в ударной позиции) типичен для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -усь: Ганусь, Ганус. В польском и западнорусском ономастиконе такие формы часто возникали от имени Я́н (Jan) через народные варианты Янусь, Ганусь. Основа «Ганус» — это уменьшительно-ласкательная форма от Иван или Ян, распространённая в речи католического населения Речи Посполитой. Соответственно, Ганусей — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Ганус.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, связывает фамилию с литовским корнем. В Литве и на северо-западе Беларуси встречается фамилия Ganusevičius, а её усечённая форма могла дать Ганусей. В таком случае основа восходит к литовскому ganus — «сытный, обильный», и прозвище могло относиться к зажиточному или щедрому хозяину. Однако эта гипотеза слабее: для фамилий на -ей литовский субстрат нетипичен, а вот польско-белорусская модель с суффиксом -ей встречается регулярно (ср. Андрусей, Марусей).

Географически фамилия Ганусей сегодня встречается в основном в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина) и в приграничных районах Беларуси. В России она крайне редка. Это указывает на то, что предки носителей фамилии жили в зоне польско-украинского пограничья, где смешивались католическая и православная традиции. Социальный состав таких фамилий — преимущественно крестьяне или мелкая шляхта, потому что прозвищные фамилии на -ей обычно не принадлежали высшей аристократии.

Что касается написания: в документах XIX века фамилию могли записывать как Ганусей, Ганусей, а также Ганусевич — в зависимости от языка делопроизводства. Современная форма закрепилась, вероятно, через украинскую или белорусскую передачу, где суффикс -ей звучит естественно. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, его звали Ганусом — уменьшительным от имени Иван, и он происходил из западнорусских земель, находившихся под влиянием польской культуры.