Фамилия Гапот — редкая, и её происхождение неочевидно. Самая вероятная версия связывает её с французским словом «gabot» (в старом написании «gapot») — так называли плоскодонное речное судно, баржу. В России XVIII–XIX веков, особенно в эпоху Петра I и позднее, в лексику вошло множество западноевропейских терминов, связанных с кораблестроением и торговлей. Прозвище Гапот могли дать человеку, который строил такие лодки, работал на них грузчиком или перевозчиком, либо, в переносном смысле, — неуклюжему, тяжеловесному человеку (по ассоциации с формой судна).

Второй, менее вероятный вариант — отчество от прозвища, образованного от южнорусского диалектного слова «гап» (ворон, грач) или «гапать» (кричать, каркать). В таком случае Гапот — это «сын Гапота», а Гапот — человек с громким голосом или, возможно, смуглый, черноволосый, похожий на грача. Эта версия слабее, так как суффикс -от нехарактерен для русских прозвищ, образованных от названий птиц (обычно было бы Гап, Гапко, Гапкин).

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Суффикс -от в русских фамилиях встречается редко, чаще в украинских и белорусских (например, Бормот, Скрипот). Это может указывать на западнорусское или украинское происхождение носителя, где фамилии на -от фиксировались как именования по характерному действию или предмету. Фамилия не получила распространения и осталась штучной — её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, возможно, из регионов, где было развито речное судоходство (Волга, Днепр, Западная Двина) или где осели иностранные мастера.

В официальных документах фамилия Гапот встречается крайне редко, что подтверждает её уникальность. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, она не прошла стандартную русификацию и сохранила исходную форму. Это говорит о том, что её носители могли быть выходцами из непривилегированных сословий (крестьяне, мещане), у которых фамилии закрепились поздно и часто в виде чистого прозвища без родового суффикса.