Фамилия Гапона — редкий случай, когда мы имеем дело не с типичной русской фамилией на -ов или -ин, а с украинской или белорусской моделью. В этих языках фамилии на -а, -я (как Гапона, Шевченко, Гмыря) не склоняются по падежам и часто указывают на прозвищное происхождение. Гапона — это, скорее всего, застывшая форма родительного или именительного падежа от личного имени Гапон.

Имя Гапон — народная, разговорная форма канонического имени Агапий (от греческого «агапе» — любовь). В украинской и белорусской традиции имя Агапий звучало как Гапон, а фамилия Гапона могла означать «сын Гапона» или просто «человек, которого прозвали Гапоном». Суффикс -а здесь выступает как показатель принадлежности или прозвищный окончание, что характерно для южнорусских и западнорусских земель.

Возможна и вторая версия: фамилия могла возникнуть как прозвище, данное человеку с неким дефектом речи или внешности. В некоторых говорах «гапать» означало «глотать, хватать ртом», а «гапон» — «разиня, простофиля». Однако эта гипотеза менее убедительна, так как имя Гапон было широко распространено именно как вариант Агапия. Исторический контекст подсказывает, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или казаками с Украины, Белоруссии или юга России, где такие формы фамилий встречаются чаще.

В отличие от фамилии Гапонов (с русским суффиксом -ов), Гапона сохранила более архаичную, прозвищную форму. Если Гапонов однозначно указывает на «сына Гапона», то Гапона может быть как фамилией, так и прямым прозвищем, которое со временем закрепилось за родом. Встречается фамилия в основном в Полтавской, Черниговской и Харьковской областях, а также среди переселенцев на Кубани. Известных носителей с такой фамилией в истории нет, что не делает её менее ценной — она яркий пример народной ономастики, где личное имя превратилось в родовое без лишних суффиксов.