Фамилия Гапонов — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неожиданный поворот. Вопреки интуиции, её основа — не греческое слово «гапоно» (его просто нет), а крестильное имя Агафон. В украинской и белорусской народной среде это имя упростили до формы Гапон, отбросив начальный звук. Именно так, через живую речь, а не через церковные святцы, имя и вошло в быт.

Значение имени Агафон — «добрый», «благотворный» (от греческого agathos). И здесь есть любопытный социальный парадокс. А. С. Пушкин в примечаниях к «Евгению Онегину» едко заметил, что «сладкозвучнейшие греческие имена, каковы Агафон, Филат, Фекла, употребляются у нас только между простолюдинами». То есть имя, означающее высшую добродетель, в России XVIII–XIX веков стало маркером низкого сословия. Фамилия Гапонов, таким образом, несёт в себе этот классовый отпечаток: её чаще всего носили крестьяне и мещане, а не дворяне.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: к основе Гапон добавили притяжательный суффикс -ов, означающий «чей?» — «сын Гапона» или «принадлежащий Гапону».

С географией фамилии всё конкретно. Известен целый казацкий род Гапоновых, основавший деревню Гапоновку в Мглинском районе (бывшая Черниговская губерния). Эти казаки числились по Старо-Чешуйковской волости. Позднее фамилия разошлась шире, но её корни плотно сидят на юго-западе России. В метрических книгах и списках репрессированных фамилия встречается в Смоленской, Калужской, Омской областях. Например, в Книгу памяти Калужской области внесён Иван Никифорович Гапонов (1885 г. р.) из деревни Алешенка, а в омских списках — Иван Семёнович Гапонов (1894 г. р.) из Терновки.

Отдельно стоит сказать о родственной фамилии Гапич. Она образована от того же корня, но с другим суффиксом (-ич, указывающим на принадлежность к роду или роду занятий). Менее правдоподобные версии выводят Гапича от прозвища Гапа — или от украинского «гапик» (петля для одежды, намёк на портного), или от польского gapa (разиня). Но основная линия всё та же: Гапон → Гапич.

Среди известных носителей — академик РАН Сергей Викторович Гапонов, физик, лауреат Государственной премии. Его фамилия — прямое напоминание о том, что простое крестьянское имя стало основой для фамилии человека, сделавшего большую науку.