Фамилия Гапоненок — яркий пример того, как суффикс в несколько букв может выдать происхождение человека с головой. В данном случае ключ — белорусский уменьшительно-ласкательный суффикс -ёнок (или -онок). В русском языке этот суффикс даёт значение «детёныш» (волчонок, лисёнок), а в белорусской и польской ономастике он превратился в фамильный, указывая на сына или потомка человека. То есть Гапоненок — это буквально «маленький Гапон» или «сын Гапона».

Основа фамилии — имя Гапон. Это народная, разговорная форма канонического крестильного имени Агафон, которое в переводе с греческого означает «добрый», «благой». В русской и белорусской среде звук «а» в начале слова часто переходил в «г» (сравните: Арина — Гарпина, Афоня — Гапон), а «ф» заменялось на «п», так как для славянского слуха сочетание было непривычным. Так Агафон превратился в Гапона, а его сыновья стали Гапоненками.

Географически фамилия почти наверняка привязана к территории современной Беларуси и прилегающих областей России (Смоленщина, Брянщина), где модель образования фамилий на -ёнок была особенно продуктивной. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу («чей сын?»), белорусские фамилии на -ёнок изначально были прозвищами младших членов рода, которые со временем закрепились как наследственные. Если встретили Гапоненка, с высокой долей вероятности его предки жили в западнорусских землях, а родоначальника звали Агафоном, которого в деревне звали Гапоном.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму, которая в современном языке звучит как «уменьшительная». Это не значит, что предки были маленького роста — это значит, что когда фамилия только возникала (примерно в XVII–XIX веках), её носитель был младшим в семье или сыном конкретного Гапона. Со временем прозвище потеряло связь с возрастом и стало родовым именем, которое мы слышим сегодня.