Фамилия Гапонюк — одна из тех, что сразу указывает на украинское происхождение и на семейную связь через отца. В её основе лежит крестильное имя Агафон, которое пришло на Русь вместе с православием из греческого языка и означало «благой», «добрый». На украинской почве это имя дало несколько обиходных форм, и самой распространённой из них стал вариант Гапон — более короткий, удобный для повседневной речи.

Фамилию построили по типичной для украинской ономастики модели: к личному имени Гапон добавили суффикс -юк. В восточнославянских языках, особенно в украинском и белорусском, этот суффикс выполнял роль указателя на родство. Гапонюк — буквально «маленький Гапон» или, что точнее, «сын Гапона». Так обозначали младшего члена семьи, наследника, а со временем прозвище закрепилось за целым родом и перешло в официальную фамилию.

Интересно, что суффикс -юк особенно характерен для западных и центральных областей Украины — Волыни, Подолья, Галичины. Если предки носили фамилию Гапонюк, с высокой вероятностью их корни ведут именно в эти регионы. Само имя Гапон, хоть и восходит к Агафону, в народном быту могло ассоциироваться не только с церковным календарём, но и с прозвищем — например, так могли назвать спокойного, добродушного человека, что вполне отвечает значению «благой».

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с такими же отчествами на -юк, как Тарасюк, Максимюк, Павлюк. Все они строились по одному принципу: мужское имя плюс суффикс сыновства. Позже, при переездах носителей на восток или в Россию, написание Гапонюк не менялось — в отличие от фамилий на -ов, которые часто русифицировались. Поэтому Гапонюк и сегодня остаётся ярким маркером украинской фамильной традиции, почти не затронутым адаптацией.