Фамилия Гапонюк относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Агафон. Гапон — украинская форма крестильного мужского имени Агафон, которое в переводе с греческого означает «благой, добрый». Фамилия Гапонюк образовалась при помощи суффикса -бк. Поэтому Гапонюк буквально понималось как «сын Гапона».