Фамилия Гапонов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Гапонов послужило церковное имя Гапон. Фамилия Гапонов восходит к украинскому варианту мужского имени Агафон — Гапон. Несмотря на это, в некоторых северных говорах Агафонами называли простаков. Пушкин, интересовавшийся русскими именами, в примечании к «Евгению Онегину» заметил: «Сладкозвучнейшие греческие имена, каковы, например, Агафон, Филат, Федор, Фекла и проч., употребляются у нас только между простолюдинами». Тем не менее, гипотеза о происхождении фамилии Гапонов от имени представляется более правдоподобной. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Гапон, со временем получил фамилию Гапонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Гапонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Гапонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.