Фамилия Гапонович — яркий пример того, как крестильное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в родовом прозвании. В её основе лежит имя Гапон, украинская и белорусская форма канонического имени Агафон. В переводе с греческого «агатос» означает «добрый, благое». Имя было распространено в православной среде: его носили римский папа Агафон (VII век), иерусалимский патриарх Агафон (X век) и несколько раннехристианских мучеников.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянских земель. Суффикс -ович указывает на отчество: Гапонович — буквально «сын Гапона». Такая патронимическая форма была особенно характерна для шляхты и мещанства Великого княжества Литовского, а позже — для всех сословий на территории современной Беларуси и Украины. В Российской империи фамилии на -ович могли давать и крестьянам, но чаще встречались у духовенства и городских обывателей.

Географически фамилия привязана к западным губерниям. В Книге памяти Свердловской области упоминается экспедитор Гапанович Александр Осипович, родившийся в 1892 году в деревне Лонва Минской губернии. Этот источник фиксирует вариант написания через «а» — Гапанович, что не меняет этимологии: чередование «о/а» в безударной позиции (Гапон / Гапан) — обычное явление в живой речи.

Известный носитель фамилии — протоиерей Василий Гапанович. Он служил в Романовской церкви в Вильно, а с 1928 по 1944 год был настоятелем храма Святого Креста Господня в Белостоке (Польша), входившего тогда в Белостокско-Гданьскую епархию Польской православной церкви. Этот факт подтверждает, что фамилия была распространена среди православного духовенства на западе бывшей Российской империи.

Таким образом, фамилия Гапонович (и её вариант Гапанович) восходит к имени Гапон — производной форме от Агафон. Она удерживает память о предке, которого в быту называли не полным церковным именем, а его просторечным, «домашним» вариантом.