Фамилия Гапончук — типичный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -чук, который означает «сын» или «потомок». В основе лежит мужское имя Гапон — украинская народная форма канонического крестильного имени Агафон. Имя Агафон (от греческого agathos — «добрый», «хороший») в украинской среде упростили до Гапона, отбросив начальный безударный гласный, как это часто бывало в живой речи.

Таким образом, Гапончук буквально означает «сын Гапона». Суффикс -чук особенно характерен для западных и центральных областей Украины, где фамилии на -ук/-юк и -чук массово вытесняли другие модели в XVI–XVIII веках. Если бы фамилия возникла в восточных регионах, она, скорее всего, звучала бы как Гапонов.

Существует и альтернативная, менее правдоподобная версия, связывающая фамилию не с крестильным именем, а с прозвищем Гапа. В этом случае возможны два объяснения. Первое — от украинского «гапик» (петля для застегивания одежды), что могло указывать на занятие предка портного. Второе — от польского gapa (ротозей, разиня), то есть прозвище могло закрепиться за рассеянным человеком. Однако обе эти гипотезы проигрывают основной версии: имя Гапон было широко распространено, а прозвищная мотивация для фамилий на -чук встречается реже, чем патронимическая.

В ономастическом контексте фамилия Гапончук стоит в одном ряду с Гапоненко, Гапоновым, Гапонюком — все они восходят к одному корню, но различаются географией и временем появления. Гапончуки чаще встречаются на Волыни, в Подолье и в западном Полесье, где суффикс -чук был доминирующим.