Фамилия Гарафонова — женская форма фамилии Гарафонов, а та, в свою очередь, образована от мужского имени или прозвища Гарафон. На первый взгляд, корень кажется необычным, но за ним стоит просторечная или диалектная версия крестильного имени Иерофей. В народном произношении греческое Hierotheos (от hieros — «священный» и theos — «Бог») превращалось в Ерофей, а в некоторых говорах — в Гарафей или Гарафон, с заменой начального «е» на «г» и смягчением окончания. Таким образом, Гарафон — это тот же Ерофей, только в простонародной огласовке.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, означающих принадлежность: Гарафонов — сын Гарафона. В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только закреплялись, такая форма чаще всего встречалась у крестьян и посадских людей, где имя записывали на слух, не сверяясь с церковным календарем. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, где диалектное «гэканье» (произношение «г» вместо «е» в начале слова) было особенно сильным.

Вторая, менее вероятная версия связывает Гарафона с тюркским корнем «кара» (черный) и окончанием «фон», но она слаба, так как для русской ономастики типичнее адаптация греческих имен, чем прямые заимствования прозвищ. Сравните с фамилиями Ерофеев, Гарафеев — они однокоренные, и их носители, скорее всего, происходят от одного предка, чье имя записали в разных вариантах.

В итоге: предки Гарафоновых — люди, чей родоначальник в быту звался Гарафоном (то есть Ерофеем). Сословно это, вероятнее всего, крестьяне или ремесленники, получившие фамилию по отцу в XIX веке, когда фамилии стали обязательными для всех.