Фамилия Гарафина принадлежит к сравнительно небольшой, но выразительной группе русских фамилий, образованных от тюркских корней. Её основа — мужское имя Гарафа (вариант Гарафий), которое восходит к арабскому «гариф» — знающий, сведущий, учёный. В татарской и башкирской среде это имя было распространено в формах Гараф, Гарафи, а на русской почве получило суффикс -ин, типичный для образования фамилий от основ на -а: Гарафин → Гарафина (женская форма).

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность — «сын Гарафы» или «из дома Гарафы». Это одна из самых древних и распространённых моделей в русской антропонимии, наряду с -ов/-ев. Однако в случае с Гарафиной интересен не столько суффикс, сколько сам корень: он пришёл в русский язык не напрямую из арабского, а через тюркское посредничество, что типично для фамилий, возникших в зонах активного русско-татарского взаимодействия — Поволжье, Приуралье, южные губернии.

Географически фамилия Гарафина чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Это говорит о том, что её носители — потомки крещёных татар или башкир, либо русских, воспринявших тюркское имя через соседство или смешанные браки. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться как Гарафинъ, с твёрдым знаком на конце, а в редких случаях — через «о»: Горофин (под влиянием акающего произношения).

Спорных версий здесь немного. Иногда фамилию ошибочно связывают с греческим «графо» (писать) или с русским «графиня», но это народная этимология: ударение в фамилии падает на второй слог (Гара́фина), а не на последний, как в титуле. Единственное правдоподобное объяснение — тюркско-арабское имя, адаптированное русским суффиксом.

По социальному происхождению носители фамилии скорее всего относились к крестьянскому или мещанскому сословию, реже — к духовенству (в среде татарских мулл имя Гарафий встречалось). Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано.