Фамилия Гарафонов — одна из тех, что на первый взгляд кажется простой, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько загадок. Основной вопрос: от какого имени или прозвища она произошла? Самое очевидное объяснение лежит на поверхности: в основе лежит имя Гарафон, которое является народной, диалектной формой церковного имени Герасим (в переводе с греческого — «почтенный»). В русских говорах звук «с» нередко переходил в «ф», а «р» могло изменяться, поэтому Герасим превращался в Гарасима, а затем и в Гарафона. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Гарафона», то есть потомок человека с таким именем.

Однако есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах слово «гарафон» могло означать «кувшин» или «большой сосуд» (искажённое от «графин»). В этом случае прозвище Гарафон получал либо гончар, делавший такую посуду, либо человек с крупной фигурой, которого в шутку сравнивали с объёмным сосудом. Такие прозвища по предметам быта — не редкость, и они давали начало фамилиям на -ов. Обе версии имеют право на жизнь, но первая (от имени Герасим) встречается чаще и поддерживается общей логикой русской антропонимии.

Географически фамилия Гарафонов тяготеет к югу России и Поволжью. В дореволюционных переписях её носители встречались среди крестьян и мещан, то есть сословий, где имя Герасим было особенно распространено. Встречаются варианты написания с одной «ф» — Гарафонов или Гарафанов, но вторая форма ещё более редкая. С точки зрения словообразования фамилия типична: отчество от канонического имени, прошедшего через народную переработку. Подобный путь прошли, например, фамилии Гарасимов, Гаранин, Гаранин — все они восходят к тому же корню.

Таким образом, скорее всего, предок носителя фамилии Гарафонов был крестьянином или ремесленником по имени Гарафон (Герасим), а сама фамилия закрепилась за его потомками в XIX веке, когда отчества стали наследственными.