Фамилия Гарафеев — довольно редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В ней отчетливо слышен тюркский или арабо-тюркский след, что типично для фамилий, образованных от мусульманских имен, бытовавших у татар, башкир и других народов Поволжья. Основа фамилии — личное имя Гарафей, которое представляет собой искаженную или народную форму арабского имени Гараф (Гарафутдин, Гарафетдин). В арабском языке корень «гараф» означает «черпать», «зачерпывать», а в переносном смысле — «получать знания», «черпать мудрость». Таким образом, имя могло нести значение «черпающий знание» или «обильный», «полноводный».

Русский суффикс -ев указывает на принадлежность: Гарафеев буквально означает «сын Гарафея». Такая модель образования — от тюркского имени через добавление русского патронимического суффикса — массово возникла в XV–XVII веках, когда татарская знать и служилые люди переходили на русскую службу и получали фамилии. В отличие от более распространенных фамилий на -ов (Гарафов), вариант с -ев мог закрепиться из-за мягкого произношения основы: «Гарафей» — «чей?» — «Гарафеев».

Интересно, что в некоторых диалектах имя могло звучать как «Гарафей» или «Гарафий», а фамилия — писаться через «а» или «о» в зависимости от местного аканья. Встречаются однокоренные фамилии Гарафутдинов, Гараев, но Гарафеев стоит особняком — она более редкая и, вероятно, происходит из небольшого рода или конкретной местности, например, из числа казанских или мишарских татар. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или мещанами, а само имя в основе указывает на человека, которого в семье считали образованным или духовно полным.