Фамилия Гаракина — женская форма фамилии Гаракин, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в основе лежит прозвище или имя, которое вышло из обихода. Самый вероятный корень — «гарака». В южнорусских и украинских говорах так называли таракана (от «гаракан», с утратой начального «т»). Такое прозвище могли дать человеку за юркость, суетливость, темный цвет волос или одежды, а иногда — с иронией, за неспособность усидеть на месте.

Менее распространённая версия отсылает к имени Гарака, которое могло быть производной формой от крестильного имени Герасим (через Гарасим) или Георгий (в народной форме Егорий). В таком случае суффикс -к- носил уменьшительно-ласкательный характер, а фамилия Гаракины означала «потомки Гараки».

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?») — то есть «сын Гараки». Такие фамилии чаще всего встречались на территориях, где было распространено аканье (юг России, Поволжье). В дореволюционных переписях носители фамилии Гаракины фиксировались преимущественно в Курской, Тамбовской и Воронежской губерниях — в зоне, где «гарака» как слово было в ходу.

Встречается и редкий вариант написания с одной «к» — Гаракина, но это скорее орфографическая случайность, чем отдельная ветвь. Сравнение с однокоренными фамилиями (Гараканов, Тараканов) показывает, что форма Гаракин возникла как народный диалектный вариант, более простой в произношении, без двойного согласного.