Фамилия Гатфанов — редкий случай, когда географический и этнический корень почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она явно ведет к татарскому или башкирскому мужскому имени Гатфан (вариант — Гатфанулла). В основе лежит арабское «гатфан» (غطفان) — это имя одного из древних арабских племен, упоминаемого в доисламской поэзии. В мусульманском именослове оно закрепилось как личное имя, и именно от него, по самой прямой модели, образована фамилия: имя Гатфан плюс русский патронимический суффикс -ов, то есть «сын Гатфана».

Русский суффикс -ов здесь не случаен — он показывает, что фамилия оформлялась уже в русской административной среде, скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда крестьянам и жителям национальных окраин массово давали фамилии по отцу. Это типичная «кабинетная» модель: записали по имени отца, как слышали. Ударение, судя по аналогии с другими фамилиями на -анов, падает на первый слог: Га́тфанов.

Географически фамилия привязана к регионам с компактным проживанием татар и башкир — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также к татарским диаспорам в Средней Азии. Встречается она крайне редко, что говорит о том, что родоначальник был конкретным человеком, а имя Гатфан не получило массового распространения. Сословно носители фамилии, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — служилыми татарами.

Спорных версий у фамилии почти нет. Можно было бы предположить, что основа — прозвище от диалектного глагола, но ни в одном тюркском языке нет слова «гатфан» со значением ремесла или черты характера. А вот попытка вывести её из русского «гатить» (мостить дорогу) фонетически несостоятельна — в таком случае была бы фамилия Гатенин или Гатов. Так что единственное надёжное объяснение — через личное имя Гатфан, пришедшее вместе с исламом в Поволжье.