Фамилия Гаубец — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а немецкое или, шире, западноевропейское. В основе лежит немецкое слово Gaube или Gaupe — так в некоторых диалектах называли щегла, лесную птицу с ярким оперением. Суффикс -ец в таком случае выполняет не уменьшительную или патронимическую роль (как в русских фамилиях), а скорее указывает на носителя признака: Гаубец — «тот, кто похож на щегла» или «птицелов, торгующий щеглами». В немецкой ономастике аналогичная модель дала фамилии типа Gaubatz, Gaubitzer.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с географическим названием. В Германии и Австрии встречаются топонимы Gaub и Gaube (например, речка Гаубе в земле Рейнланд-Пфальц). В этом случае Гаубец — вариант фамилии, образованной от названия местности, откуда человек родом, с типичным для немецких фамилий суффиксом -er (Гаубер), который при адаптации в славянской среде мог превратиться в -ец. Такое переоформление часто происходило при переселении немцев в Российскую империю: колонистов Поволжья, Причерноморья или Волыни записывали на слух, искажая окончания.

Исторический контекст подсказывает, что носители фамилии Гаубец в России — это потомки немецких колонистов, приглашённых Екатериной II во второй половине XVIII века. Фамилия могла закрепиться в сёлах Самарской, Саратовской или Херсонской губерний. Встречается она и в Польше, где также фиксируется вариант Gaubiec — там процесс полонизации немецкой основы прошёл ещё раньше. Таким образом, Гаубец — это не случайная и не «испорченная» русская фамилия, а чёткий маркер миграции: от немецкого прозвища или названия речки до фамилии потомка поволжского колониста.