Фамилия Гаубе — редкий для России случай, когда иноязычная основа сохранилась почти без изменений, без русских суффиксов -ов или -ин. Её происхождение напрямую связано с немецким языком, и в большинстве случаев носители этой фамилии — потомки выходцев из немецких земель.

В основе лежит немецкое слово «Haube» — «чепец», «капор» или «шлем» (в средневековом контексте). Фамилия могла образоваться от прозвища: либо человека, который торговал головными уборами или шил их, либо того, кто отличался манерой носить необычный чепец. Вторая версия — топонимическая: от названия местности Гаубе (Gaube) в Германии или от баварского диалектного слова «Gaube» — «слуховое окно» (мансардное окно на крыше). В этом случае фамилия могла указывать на дом с такой характерной деталью или на человека, жившего в мансарде.

На русскую почву фамилия попала с волнами немецкой иммиграции, особенно активными в XVIII–XIX веках при Екатерине II. Немцев-колонистов приглашали осваивать Поволжье, Новороссию и Причерноморье. Поэтому Гаубе встречается в архивных записях именно южных и центральных губерний Российской империи, а также в Прибалтике, где немецкое население жило столетиями. В отличие от многих немецких фамилий, которые русифицировались (становились Гаубев, Гаубеев), вариант Гаубе остался без изменений — это указывает на позднее закрепление фамилии или на сознательное сохранение исходной формы.

Словообразовательная модель проста: фамилия не имеет суффикса, она представляет собой чистую основу. Сравните с однокоренными немецкими фамилиями Гауб, Гаубер, Гаубнер — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами, указывающими на профессию или принадлежность. Гаубе стоит в этом ряду как наиболее краткая, возможно, прозвищная форма. Встречается и вариант написания с умлаутом — Häube, но в русской передаче он почти не сохранился.

Социальный состав носителей был разнообразен: от ремесленников и крестьян-колонистов до учёных и военных. Известно, что в Российской империи фамилию Гаубе носили несколько дворянских родов, в основном прибалтийского происхождения, но их генеалогия не связана единым предком. Сегодня фамилия остаётся редкой: по данным открытых источников, в России её носят не более нескольких сотен человек, сосредоточенных в основном в городах Поволжья и Северо-Запада.