Фамилия Гавдур, вероятнее всего, имеет болгарские корни. В её основе лежит прозвище, связанное со словом «гавде» — так в Болгарии называют волынку, традиционный духовой инструмент. Скорее всего, прозвище Гавдур получил человек, который либо делал волынки, либо играл на них. Это профессиональная этимология, и она выглядит наиболее убедительной.

Впрочем, есть и вторая версия. Волынка издаёт громкий, низкий и очень характерный звук. Поэтому Гавдуром могли прозвать человека с сильным, зычным голосом — «звучащим», как волынка. Такие прозвища по сходству с инструментом или животным встречаются в ономастике нередко.

Сама фамилия Гавдур — это застывшая форма прозвища без дополнительного суффикса. Такая модель образования (прозвище → фамилия) характерна для украинской, белорусской и южнославянской традиций. Если бы фамилия оформлялась по русскому образцу, она звучала бы как Гавдуров или Гавдурин. Отсутствие суффикса — важная деталь, которая указывает на регион происхождения: скорее всего, это западные или южные земли бывшей Речи Посполитой, Балканы или Закарпатье.

Слово «гавде» родственно другим славянским названиям волынки: польскому «gawdy» или словацкому «gajdy». В сербском и хорватском языках есть слово «гајде» (gajde) с тем же значением. Таким образом, фамилия Гавдур вписывается в общеславянский инструментальный ряд, хотя и с болгарским акцентом.

Сословная принадлежность первых носителей фамилии, скорее всего, была невысокой: музыканты и ремесленники в средневековой Болгарии и соседних землях относились к простым людям. Знатных родов с такой фамилией в доступных источниках не прослеживается.

Сейчас фамилия Гавдур встречается редко. Её можно найти в Болгарии, в украинских сёлах Одесской и Черновицкой областей, а также среди потомков болгарских переселенцев в Молдове. В России фамилия единична.