Фамилия Гавенус — редкий случай, когда русская по форме фамилия имеет латинское окончание, типичное для учёных и духовных лиц XVIII–XIX веков. Суффикс -ус в русских фамилиях почти всегда указывает на искусственное, книжное происхождение: так оформляли прозвища семинаристов, преподавателей, аптекарей или выходцев из духовного сословия. В основе, скорее всего, лежит латинское слово «gavenus»? Нет, в классической латыни такого слова нет. Значит, корень — местный, а латинское окончание — поздняя «учёная» приставка. Вероятнее всего, основа — немецкая или голландская фамилия Gaven, Gavenius, либо русское прозвище от глагола «гавкать» (лаять) или «гаврик» (бездельник, повеса) — такое прозвище могли дать крикливому, вздорному человеку. В семинарской среде «гавкающего» студента могли в шутку «олатинить» в Гавенуса — по аналогии с тем, как крестьянские прозвища превращали в Кандидов, Сперанских или Бенедиктов.

Вторая версия, менее правдоподобная, но возможная: фамилия могла возникнуть у остзейских немцев или шведов, переселившихся в Россию. В прибалтийских метриках встречается фамилия Gavenius (от личного имени Gave, сокращённого от Gabriel или Gawen). Тогда Гавенус — это русифицированная форма немецко-шведской фамилии, которую носитель записал в паспорт или в ревизскую сказку по-русски, но с сохранением латинского окончания.

Сословно фамилия Гавенус почти наверняка принадлежала либо духовенству (священники, дьяконы, псаломщики), либо людям с высшим образованием — врачам, учителям, чиновникам. Крестьянские фамилии на -ус в России — большая редкость. Если искать географию, то в дореволюционных источниках Гавенусы встречаются в Петербургской, Псковской и Смоленской губерниях — там, где было много лютеранских и православных семинарий.

Сегодня носителей фамилии мало, и она остаётся скорее историческим курьёзом — живым напоминанием о том, как русская фамильная система впитывала западную учёную моду.