Фамилия Гавнонян звучит вызывающе, но её происхождение, скорее всего, не связано с тем, о чём можно подумать в первую очередь. Это типичная армянская фамилия, образованная по стандартной модели с помощью патронимического суффикса -ян (вариант -янц), означающего «принадлежащий к роду» или «потомок». Основа здесь — личное имя Гавнон.

В армянском именослове имя Гавнон — редкое, но не бранное. Его возводят к корню «гав» (корова) или к слову «гавар» (область, край). Таким образом, Гавнон могло означать «телячий», «коровой рождённый» или «принадлежащий к определённой местности». В народной среде такие имена-обереги давали, чтобы отвести от ребёнка злые силы: считалось, что неблагозвучное или «животное» имя сделает его незаметным для духов.

Словообразовательная модель типична для восточноармянских фамилий XIX века, когда фамилии массово закреплялись за крестьянами и ремесленниками. Суффикс -ян — аналог русского -ов/-ев, но в Армении он присоединялся напрямую к основе, без дополнительных формантов. Поэтому Гавнонян — это прямой потомок человека по имени Гавнон.

Случайное совпадение с русским обсценным словом — чисто фонетическое. В армянском языке ударение падает на последний слог (Гавноня́н), а само имя Гавнон не имеет никакого отношения к русской лексике. Носители фамилии, вероятно, сталкивались с неловкими шутками, но этимологически это просто «сын Гавнона».

Географически фамилия встречается в Армении и в диаспоре, но не входит в число распространённых. Известных исторических деятелей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, возникших в крестьянской среде и не попавших в дворянские родословные.