Фамилия Гавнотоп — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило свою исходную, нелитературную форму без облагораживания. В официальных документах, переписях и церковных книгах такие «неприличные» основы часто заменяли или переделывали (например, Говнотоп мог стать Говорковым или Топоровым). Сохранение исходного варианта указывает либо на глухую местность, где фамилию записывали со слов, не задумываясь о благозвучии, либо на позднюю фиксацию, когда нормы уже смягчились.

Словообразовательная модель проста: основа «гавнотоп» + нулевой суффикс. Фактически это фамилия-прозвище без суффикса принадлежности (-ов, -ин), что характерно для украинской и белорусской традиции, а также для русских фамилий, возникших из прозвищ в форме существительного. Суффикса нет, потому что прозвище Гавнотоп сразу стало фамилией — человека так прозвали, и так записали.

Само прозвище — сложное слово из двух корней: «говно» (в древнерусском — «грязь», «нечистоты», «кал») и «топтать». Прямое значение — «тот, кто месит грязь, топчется в нечистотах». В крестьянском быту это могла быть не бранная кличка, а профессиональная характеристика: человек, работающий с навозом (скотник, конюх, кожевник), либо тот, кто ходит по раскисшей дороге, «топчет грязь». В говорах слово «говно» не всегда имело резко обсценный оттенок — им называли любую грязь, отстой, осадок.

Версия, что прозвище дали за неряшливость, возможна, но менее вероятна: в среде, где все ходили в грязи, такое выделение должно было быть очень ярким. Правдоподобнее — указание на конкретное место или работу. Например, в некоторых северных говорах «говнотопом» называли болотистую топь, где вязнет скот. Тогда прозвище могло перейти на человека, живущего у такого болота, или на того, кто чистит хлев.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и белорусским землям, где подобные «прямые» прозвища фиксировались чаще. Встречается она крайне редко — носителей можно пересчитать по пальцам, и почти все они сосредоточены в нескольких сёлах Витебской и Смоленской областей. Это подтверждает версию о локальном, «гнездовом» происхождении: фамилия не разошлась широко, а осталась в пределах одной округи, где прозвище было понятно всем соседям.