Фамилия Гайнеевы образована от мужского имени Гайней — татарской или башкирской формы арабского имени Гайни (Гайн), что означает «богатый», «зажиточный» или «глаз», «зеница ока» (в переносном смысле — «дорогой, как глаз»). Корень здесь восходит к арабскому «айн» — глаз. В тюркской среде имена с таким корнем были популярны, потому что несли пожелание достатка или подчеркивали ценность ребенка для семьи.

Словообразовательная модель типична для тюркских фамилий, русифицированных с помощью суффикса -ев: к основе Гайней добавили русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность роду. Буква «е» после «й» в суффиксе появляется по правилам русской орфографии: после мягких согласных и й пишется -ев, а не -ов. Встречаются также варианты написания Ганиевы, Ганеевы, но Гайнеевы — более точная передача исходного имени с сохранением йотации.

Географически фамилия распространена среди татар и башкир, особенно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. В дореволюционных записях носители фамилии часто числились среди государственных крестьян или тептярей — сословной группы, сочетавшей земледельческие и военные повинности. Встречается фамилия и в среде казанских татар, где имя Гайней фиксировалось еще в XVIII веке.

В отличие от многих фамилий на -ев, где основа — прозвище или профессия, Гайнеевы напрямую связаны с личным именем, что делает этимологию прозрачной, но не упрощенной: за именем стоит арабский корень, который в тюркской среде оброс дополнительными смыслами. Спорных версий происхождения практически нет — арабское происхождение имени и патронимический суффикс дают однозначную картину.