Фамилия Гайнеева — женская форма, а мужская, Гайнеев, восходит к тюркскому имени Гайней. Это имя, в свою очередь, связано с арабским «гайн» (глаз, источник, родник) или с тюркским «гайне» (кипеть, бурлить, быть в движении). Скорее всего, имя Гайней давали ребенку с пожеланием живости, энергичности, либо как метафору чистого источника — то есть долгожданного, желанного ребенка. Встречается и версия, что в основе лежит этноним «гайна» — название одного из башкирских родов (племени гайна), но для фамилии, образованной от личного имени, это менее вероятно.

Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ев: от имени Гайней → Гайнеев. Притяжательный суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Гайнея». Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, которые в XIX веке массово получали русские по форме фамилии на -ов/-ев. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Гайне́ева.

Географически фамилия Гайнеева наиболее распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в соседних регионах — Оренбургской, Челябинской, Самарской областях. Это подтверждает её тюркские корни. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её относительно позднем оформлении и локальном бытовании. Сословно предки носителей фамилии, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — представителями мусульманского духовенства или купечества, поскольку в татарской и башкирской среде фамилии на -ов/-ев закрепились в основном к концу XIX века.

Интересная деталь: в некоторых диалектах татарского языка слово «гайне» может означать «родня, родственник», поэтому не исключено, что прозвище Гайней давали человеку, который был известен своей многочисленной родней или заботился о семейных связях. Таким образом, Гайнеевы — потомки человека с живым, кипучим нравом или же того, кого ценили как «родникового», чистого душой.